Áhrif á vatnafar milli stíflu og stöðvarhúss fyrirhugaðrar Gilsárvirkjunar í Eiðaþinghá verða óhjákvæmilega mjög eða talsvert neikvæð hvort sem framkvæmdaaðili velur framkvæmdakost A eða B. Þá er og ljóst að áhrif virkjunarinnar á landslag og ásýnd verði talsvert neikvæð.